Ahogrammer

Deep Dive Into NLP, ML and Cloud

AWS LambdaにGiNZAを載せて、固有表現認識APIを作成する

一週間ほど前、AWS LambdaにElastic File System(EFS)をマウントできる機能が追加されました。この機能を使うことで、マウントしたEFS上への読み書きがLambda関数からできるようになりました。これまではLambdaの制限により、/tmpで使用可能な容量が512MBなので、大きなファイルの読み込みは難しかったのですが、EFSを使うことでそれが可能になります。特に機械学習系のパッケージやモデルの容量は何かと大きいので、新機能の恩恵に与ることになります。

そういうわけで、本記事ではEFSに日本語の自然言語処理ライブラリであるGiNZAを置いて、それをLambdaから呼び出してみようと思います。実のところ、GiNZAのパッケージは400MB程度なので、/tmpに載せることもできるはずです。その場合は、Lambda LayersとLambdaを組み合わせて、S3上に置いたモデルを/tmpに読み込んでくることになると思います。実際、そのような方法をspaCyをLambdaに載せるときに採用したことがありますが、今回はEFSを使ってやってみます。

❯ curl -X POST \
       -d '{"text":"太郎は東京都出身だ"}' \
       https://example.execute-api.us-east-1.amazonaws.com/v1/analyze-entities | jq
[
  {
    "text": "太郎",
    "label": "Person",
    "start": 0,
    "end": 2
  },
  {
    "text": "東京都",
    "label": "Province",
    "start": 3,
    "end": 6
  }
]

手順は以下の通りです。

  • EFSの作成
  • GiNZAをEFSへコピー
  • Lambda関数の作成
  • API Gatewayの作成

EFSの作成

まずはEFSの作成から行います。Lambda関数からEFSにアクセスするには、Lambda関数がEFSに到達できるようにVPCを設定する必要があります。ここでは、各AWSリージョンで自動的に作成されるデフォルトのVPC を使用することにします。

EFSコンソールで、「ファイルシステムの作成」を選択し、default のVPCとそのサブネットが選択されていることを確認します。またすべてのサブネットで、VPC内の他のリソースへのネットワークアクセスを許可するセキュリティグループを使用します。ここでは簡単のために、すべてのトラフィックを許可するセキュリティグループを設定しています。

f:id:Hironsan:20200625083716p:plain

次に、EFSにNameタグを付け、「次のステップ」へ進みます。

次に、「アクセスポイントを追加」を選択します。User IDとGroup IDに1001を使用し、/packagesパスへのアクセスを制限します。

f:id:Hironsan:20200625085342p:plain

これでEFSの作成は完了です。次のステップへ進みましょう。

GiNZAをEFSへコピー

Amazon Linux 2上にEFSをマウントするディレクトリを作成し、作成したEFSをマウントします。EFSをマウントするために、amazon-efs-utilsをインストールします。

sudo yum install -y amazon-efs-utils
mkdir efs
sudo mount -t efs fs-[YOUR EFS ID]:/ efs

EFSをマウントできたら、GiNZAをインストールします。

mkdir ginza
pip install -t ./ginza/ ginza

インストールが完了したら、パッケージをEFSへ移動します。

sudo chown -R 1001:1001 ginza
sudo mv ginza efs/packages/

これで、LambdaからGiNZAを使う準備ができました。

Lambda関数の作成

次に、固有表現認識を行うためのLambda関数を作成します。Lambdaコンソールで、AnalyzeNamedEntity関数を作成し、ランタイムとしてPython 3.7を選択します。アクセス権限には、 AWSLambdaVPCAccessExecutionRoleおよびAmazonElasticFileSystemClientReadWriteAccess を持ったロールを指定します。

関数を作成したら、VPCの設定を行います。ここでは、EFSに設定したものと同じデフォルトVPCとセキュリティグループを指定します。 f:id:Hironsan:20200625091933p:plain

次に、新しく追加された「ファイルシステム」セクションで「ファイルシステムの追加」を選択します。EFSファイルシステムとアクセスポイントには前に作成したものを選択します。ローカルマウントパスには、/mnt/packagesを設定します。これは、アクセスポイントがマウントされるパスであり、EFSの/packagesに対応しています。

f:id:Hironsan:20200625092529p:plain

あとは、Lambdaのコードエディタに、以下のコードを貼り付けて保存します。

import sys
sys.path.append('/mnt/packages/ginza')
import spacy


def lambda_handler(event, context):
    nlp = spacy.load('ja_ginza')
    doc = nlp(event['text'])
    response = [
        {
            'text': ent.text,
            'label': ent.label_,
            'start': ent.start_char,
            'end': ent.end_char
        }
        for ent in doc.ents
    ]
    return response

試しに、{"text": "太郎は東京都出身だ"}というデータでテストをしてみると、以下のレスポンスが返ってきます。

[
  {
    "text": "太郎",
    "label": "Person",
    "start": 0,
    "end": 2
  },
  {
    "text": "東京都",
    "label": "Province",
    "start": 3,
    "end": 6
  }
]

ちなみに、メモリの割当を大きくしておかないと以下のエラーが発生します。メモリの大きさとタイムアウトについては適切な値を設定しておきましょう。

{
  "errorType": "Runtime.ExitError",
  "errorMessage": "RequestId: b93ab443-c91b-4bb3-a0cb-bab486335751 Error: Runtime exited with error: signal: killed"
}

API Gatewayの作成

ここまできたら後は簡単です。API Gatewayでリソースとメソッドを作成し、AnalyzeNamedEntity関数に結びつけるだけです。ここではリソースとしてanalyze-entities、メソッドとしてPOST、デプロイのステージとしてv1を指定します。デプロイが完了すると、以下のようにしてAPIを叩くことが出来ます。

❯ curl -X POST \
       -d '{"text":"太郎は東京都出身だ"}' \
       https://example.execute-api.us-east-1.amazonaws.com/v1/analyze-entities | jq
[
  {
    "text": "太郎",
    "label": "Person",
    "start": 0,
    "end": 2
  },
  {
    "text": "東京都",
    "label": "Province",
    "start": 3,
    "end": 6
  }
]

以上です。今回はパッケージをまるごとEFSから読み込みましたが、パッケージはLambda Layersに置いておいて、モデルだけEFSから読み込むといったやり方もありそうです。

参考資料

Transformersの事前学習済みモデルをダウンロードして保存する

先日、Transformersの事前学習済みモデルをダウンロードして保存する必要があったのでその方法を紹介。 結論として、モデルのダウンロードはおなじみのfrom_pretrainedで行い、保存はsave_pretrainedで行う。 ちなみに、これをしたかった理由は、モデルをS3にアップロードしてSageMakerのエンドポイントにデプロイしたかったため。

from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForQuestionAnswering

# Download a model and a tokenizer.
tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained('bert-large-uncased-whole-word-masking-finetuned-squad')
model = AutoModelForQuestionAnswering.from_pretrained('bert-large-uncased-whole-word-masking-finetuned-squad')

# Save the model and the tokenizer.
dir_name = 'model'
tokenizer.save_pretrained(dir_name)
model.save_pretrained(dir_name)

こうしてダウンロードしたモデルとトークナイザを以下のコマンドでtar.gzに圧縮する。こうして圧縮したファイルをS3にアップロードすることで簡単にデプロイすることができる。

cd model/ && tar -zcvf ../model.tar.gz . && cd ..

参考

github.com

stackoverflow.com

Python 3.7向けにSageMaker PyTorch Containerをビルドする

先日、Flairを使ったモデルを構築し、SageMakerのトレーニングジョブに投げたところモデルの保存で躓いた。原因を調べたところ、pickleでダンプしようとしていたオブジェクトの中に、Python 3.6ではダンプできないオブジェクトがあるようだった。そこで、SageMakerのトレーニングで使われているPythonのバージョンを3.6から3.7に上げたところモデルの保存をできるようになった。

以下に、作成したDockerfileを貼っておく。これをCodeBuildでビルドし、ECRに登録後、SageMakerのEstimatorで登録したイメージを指定すれば使うことができる。

FROM nvidia/cuda@sha256:4979db047661dc0003594fb20d37cce6d6c7e989252f4e3fb0beb39874a078e2

LABEL maintainer="Amazon AI"

ARG PYTHON_VERSION=3.7.7
ARG OPEN_MPI_VERSION=4.0.1
ARG CUBLAS_VERSION=10.2.1.243-1_amd64

# Python won’t try to write .pyc or .pyo files on the import of source modules
# Force stdin, stdout and stderr to be totally unbuffered. Good for logging
ENV PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1
ENV PYTHONUNBUFFERED=1
ENV LD_LIBRARY_PATH="${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/lib"
ENV LD_LIBRARY_PATH="${LD_LIBRARY_PATH}:/opt/conda/lib"
ENV PYTHONIOENCODING=UTF-8
ENV LANG=C.UTF-8
ENV LC_ALL=C.UTF-8
ENV PATH /opt/conda/bin:$PATH
ENV TORCH_CUDA_ARCH_LIST="3.5 5.2 6.0 6.1 7.0+PTX"
ENV TORCH_NVCC_FLAGS="-Xfatbin -compress-all"
ENV HOROVOD_VERSION=0.19.1
ENV DGLBACKEND=pytorch
ENV CMAKE_PREFIX_PATH="$(dirname $(which conda))/../"
ENV SAGEMAKER_TRAINING_MODULE=sagemaker_pytorch_container.training:main

RUN apt-get update \
 && apt-get install -y  --allow-downgrades --allow-change-held-packages --no-install-recommends \
    build-essential \
    ca-certificates \
    cmake \
    cuda-command-line-tools-10-1 \
    cuda-cufft-10-1 \
    cuda-curand-10-1 \
    cuda-cusolver-10-1 \
    cuda-cusparse-10-1 \
    curl \
    git \
    jq \
    libglib2.0-0 \
    libgl1-mesa-glx \
    libsm6 \
    libxext6 \
    libxrender-dev \
    libgomp1 \
    libibverbs-dev \
    libhwloc-dev \
    libnuma1 \
    libnuma-dev \
    vim \
    wget \
    zlib1g-dev \
 && apt-get remove -y cuda-cufft-dev-10-1 \
    cuda-curand-dev-10-1 \
    cuda-cusolver-dev-10-1 \
    cuda-npp-dev-10-1 \
    cuda-nvgraph-dev-10-1 \
    cuda-nvjpeg-dev-10-1 \
    cuda-nvrtc-dev-10-1 \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

RUN wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1604/x86_64/libcublas10_${CUBLAS_VERSION}.deb \
 && dpkg -i libcublas10_${CUBLAS_VERSION}.deb \
 && apt-get install -f -y \
 && rm libcublas10_${CUBLAS_VERSION}.deb

RUN wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.0/downloads/openmpi-$OPEN_MPI_VERSION.tar.gz \
 && gunzip -c openmpi-$OPEN_MPI_VERSION.tar.gz | tar xf - \
 && cd openmpi-$OPEN_MPI_VERSION \
 && ./configure --prefix=/home/.openmpi \
 && make all install \
 && cd .. \
 && rm openmpi-$OPEN_MPI_VERSION.tar.gz \
 && rm -rf openmpi-$OPEN_MPI_VERSION

ENV PATH="$PATH:/home/.openmpi/bin"
ENV LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/.openmpi/lib/"

RUN ompi_info --parsable --all | grep mpi_built_with_cuda_support:value \
 && curl -L -o ~/miniconda.sh https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh \
 && chmod +x ~/miniconda.sh \
 && ~/miniconda.sh -b -p /opt/conda \
 && rm ~/miniconda.sh \
 && /opt/conda/bin/conda install -y -c anaconda \
    python=$PYTHON_VERSION \
    numpy==1.16.4 \
    ipython==7.10.1 \
    mkl==2019.4 \
    mkl-include==2019.4 \
    cython==0.29.12 \
    future==0.17.1 \
    "pyopenssl>=17.5.0" \
 && conda install -c dglteam -y dgl-cuda10.1==0.4.3 \
 && /opt/conda/bin/conda clean -ya

RUN conda install -c pytorch magma-cuda101==2.5.1 \
 && conda install -c conda-forge \
    opencv==4.0.1 \
 && conda install -y scikit-learn==0.21.2 \
    pandas==0.25.0 \
    h5py==2.9.0 \
    requests==2.22.0 \
    libgcc \
 && conda clean -ya

RUN pip install psutil==5.6.7 \
                Pillow==7.1.0

WORKDIR /opt/pytorch

# Copy workaround script for incorrect hostname
COPY changehostname.c /
COPY start_with_right_hostname.sh /usr/local/bin/start_with_right_hostname.sh

WORKDIR /root

RUN /opt/conda/bin/conda config --set ssl_verify False \
 && pip install --upgrade pip --trusted-host pypi.org --trusted-host files.pythonhosted.org \
 && ln -s /opt/conda/bin/pip /usr/local/bin/pip3

# Uninstall torch and torchvision before installing the custom versions from an S3 bucket
RUN pip install \
    --no-cache-dir smdebug==0.7.2 \
    sagemaker==1.50.17 \
    sagemaker-experiments==0.1.7 \
    --no-cache-dir fastai==1.0.59 \
    awscli \
    scipy==1.2.2 \
 && pip install --no-cache-dir -U torch==1.5.0+cu101 -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html\
 && pip uninstall -y torchvision \
 && pip install --no-deps --no-cache-dir -U torchvision==0.6.0+cu101 -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html

# Install Horovod
RUN pip uninstall -y horovod \
 && ldconfig /usr/local/cuda-10.1/targets/x86_64-linux/lib/stubs \
 && HOROVOD_GPU_ALLREDUCE=NCCL HOROVOD_CUDA_HOME=/usr/local/cuda-10.1 HOROVOD_WITH_PYTORCH=1 pip install --no-cache-dir horovod==${HOROVOD_VERSION} \
 && ldconfig

# Install Nvidia Apex
RUN git clone https://github.com/NVIDIA/apex.git \
 && cd apex \
 && git checkout f3a960f \
 && pip install -v --no-cache-dir --global-option="--cpp_ext" --global-option="--cuda_ext" ./

# Configure Open MPI and configure NCCL parameters
RUN mv /home/.openmpi/bin/mpirun /home/.openmpi/bin/mpirun.real \
 && echo '#!/bin/bash' > /home/.openmpi/bin/mpirun \
 && echo 'mpirun.real --allow-run-as-root "$@"' >> /home/.openmpi/bin/mpirun \
 && chmod a+x /home/.openmpi/bin/mpirun \
 && echo "hwloc_base_binding_policy = none" >> /home/.openmpi/etc/openmpi-mca-params.conf \
 && echo "rmaps_base_mapping_policy = slot" >> /home/.openmpi/etc/openmpi-mca-params.conf \
 && echo "btl_tcp_if_exclude = lo,docker0" >> /home/.openmpi/etc/openmpi-mca-params.conf \
 && echo NCCL_DEBUG=INFO >> /etc/nccl.conf \
 && echo NCCL_SOCKET_IFNAME=^docker0 >> /etc/nccl.conf

# Install OpenSSH for MPI to communicate between containers, Allow OpenSSH to talk to containers without asking for confirmation
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends openssh-client openssh-server \
 && mkdir -p /var/run/sshd \
 && cat /etc/ssh/ssh_config | grep -v StrictHostKeyChecking > /etc/ssh/ssh_config.new \
 && echo "    StrictHostKeyChecking no" >> /etc/ssh/ssh_config.new \
 && mv /etc/ssh/ssh_config.new /etc/ssh/ssh_config \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

WORKDIR /

RUN pip install --no-cache-dir "sagemaker-pytorch-training<2"

RUN chmod +x /usr/local/bin/start_with_right_hostname.sh

RUN curl -o /license.txt https://aws-dlc-licenses.s3.amazonaws.com/pytorch-1.5.0/license.txt

# Starts framework
ENTRYPOINT ["bash", "-m", "start_with_right_hostname.sh"]
CMD ["/bin/bash"]

考えてみれば、ARGが定義されているので、Pythonのバージョンに関してはビルド時に引数渡して指定すればよかった。その他、typingモジュールをインストールしないようにしたりしているが、基本的には元のDockerfileと大きく変わるところはない。

github.com